David Schlaffke werd in Mühlhausen (Thüringen, Duitsland) geboren en volgde daar zijn eerste piano- en orgellessen. Dankzij de rijke traditie van de orgelmuziekcultuur in Midden-Duitsland, deed hij al op jonge leeftijd ervaring op met het spelen op historische orgels.
David Schlaffke studeerde kerkmuziek, orgel en klavecimbel in Leipzig, Kopenhagen en Amsterdam. Hij won prijzen op het orgelconcours „Johann Sebastian Bach“ in Arnstadt en het orgelconcours „Gottfried-Silbermann“ in Freiberg. Als solist geeft hij concerten in Nederland, Duitsland en andere Europese landen. Zijn repertoire omvat werken uit alle muziekperiodes, maar legt een speciale focus op de Duitse Barok en de Duitse Romantiek, tevens vastgelegd op meerdere cd-opnames.
David Schlaffke besteedt veel tijd aan onderzoek bij het samenstellen van zijn programma’s. Zijn repertoire bevat daardoor regelmatig herontdekte en soms niet eerder uitgegeven composities die hij in eigen beheer alsnog editeert. Ook is hij werkzaam als arrangeur voor verschillende ensembles.
Hij is vaste organist van de Sloterkerk, Amsterdam, en lid van diverse barokorkesten en kamermuziekensembles.